Trong Công văn 1414/TCHQ-GSQL ngày 26/03/2021, TCHQ hướng dẫn về chính sách thuế và thủ tục hải quan khi thực hiện tách doanh nghiệp chế xuất như sau:
[H]àng hóa chuyển giao từ DNCX bị tách sang DNCX được tách trong cùng một khu chế xuất được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan. Trường hợp không làm thủ tục hải quan, DNCX lập và lưu trữ chứng từ, số chi tiết việc theo dõi hàng hóa chuyển giao theo các quy định của Bộ Tài chính về tách doanh nghiệp, chế độ kế toán, kiếm toán.
[T]rường hợp công ty được tách kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ của Chi nhánh Công ty TNHH GE Việt Nam tại Hải Phòng (GEHP) - là chi nhánh hoạt động độc lập thì không phải làm BCQT tại thời điểm GEHP tách khỏi Công ty TNHH GE Việt Nam (GEVN).
[Đ]ối với hàng hóa đã ban đầu do công ty bị tách làm thủ tục tạm nhập, tạm xuất, sau đó đến thời hạn phải tái xuất, tái nhập, công ty được tách làm thủ tục tái xuất, tái nhập trên tờ khai hải quan giấy và xuất trình cho cơ quan hải quan tài liệu, hồ sơ chứng minh công ty được tách là chủ hàng hóa.
Công ty được tách khi thực hiện thủ tục nhập khẩu hàng hóa phải có giấy phép nhập khẩu thì xuất trình giấy phép nhập khẩu do cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền cấp cho công ty được tách theo quy định tại Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 5 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC trừ trường hợp xuất trình văn bản của cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền cho phép công ty được tách tiếp tục được sử dụng giấy phép nhập khẩu đã cấp trước đây cho công ty bị tách.
Về điểm cuối, giấy phép chắc là còn đứng tên công ty bị tách. Đ199.4 LDN: “Các công ty được tách đương nhiên kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp được phân chia theo nghị quyết, quyết định tách công ty.” Nhưng như Hải quan hướng dẫn ở trên, quyết định nội bộ chưa đủ, còn phải xin tờ A4 ở cơ quan cấp giấy phép nữa. E rằng yêu cầu thực tế này có lẽ không chỉ áp dụng với DNCX và giấy phép nhập khẩu.